Από πολύ νωρίς, αναγνωρίστηκε η μοναδικότητα και η σπουδαιότητα των Πρεσπών ως ενδιαίτημα σημαντικών ειδών οργανισμών, κυρίως πουλιών. Η Ελληνική Πολιτεία αναγνωρίζοντας τις φυσικές αξίες της περιοχής, ανακήρυξε την περιοχή Εθνικό Δρυμό, το 1974. Πρόκειται για τον μεγαλύτερο εθνικό δρυμό στην Ελλάδα, με έκταση διακόσια πενήντα τετραγωνικά χιλιόμετρα, από τα οποία η ζώνη απόλυτης προστασίας, ο πυρήνας, καταλαμβάνει 49,3 τετραγωνικά χιλιόμετρα. Το στοιχείο βέβαια που ξεχωρίζει τις Πρέσπες από τους υπόλοιπους εθνικούς δρυμούς είναι η μεγάλη ποικιλομορφία σε φυσικές διαπλάσεις και τύπους ενδιαιτημάτων. Από το επίπεδο του νερού των λιμνών, όπου φωλιάζουν οι Πελεκάνοι, μέχρι τις βουνοκορφές των βουνών που περιβάλλουν τις Πρέσπες και βρίσκει κρησφύγετο ο Χρυσαετός (Aquila chrysaetos), συναντά κανείς μια σειρά από διαφορετικούς βιότοπους, καλαμιώνες, υγρολίβαδα, αγροτικές εκτάσεις, δασικές διαπλάσεις, υποαλπικά και αλπικά λιβάδια.

Αυτή ακριβώς η ποικιλία των βιοτόπων απεικονίζεται επίσης και στο μεγάλο αριθμό διαφορετικών μορφών ζωής, τόσο των φυτικών ειδών, που αποτελούν τη χλωρίδα της περιοχής, όσο και των ζώων που συνθέτουν την πανίδα της. Από τα 6.000 είδη φυτών της ελληνικής χλωρίδας, στις Πρέσπες απαντούν περίπου 1.400 είδη (σχεδόν το 25%). Από αυτά κάποια έχουν εξέχουσα σημασία. Η Κενταύρια της Πρέσπας (Centaurea prespana) είναι ενδημικό είδος, δεν υπάρχει δηλαδή πουθενά αλλού στο κόσμο, παρά μόνο σε αυτήν την περιοχή. Το παράσιτο Phelypaea prespana φύεται μόνο σε δύο σημεία των Βαλκανίων, το ένα είναι η Πρέσπα. Τα Βουνοκυπάρισσα ή Κέδρα ή Άρκευθοι, συνήθως φύονται με θαμνώδη μορφή. Στις Πρέσπες και κυρίως στο ψηλότερο σημείο του δρόμου που ενώνει την Κούλα με τους Ψαράδες, γύρω από το εξωκλήσι του Αγίου Γεωργίου, τα δύο είδη αυτών των φυτών (Juniperus foetidissima και Juniperus excelsa) υπάρχουν με την ιδιαίτερα σπάνια για την Ευρώπη μορφή υπεραιωνόβιων δένδρων.

Στην πανίδα της περιοχής εξέχουσα θέση καταλαμβάνουν τα πουλιά, με τους Πελεκάνους να αποτελούν σύμβολα του Δρυμού. Στην Ελλάδα ο αριθμός των πουλιών που έχουν παρατηρηθεί ξεπερνά τα τετρακόσια είκοσι είδη. Από αυτά, περίπου τα διακόσια εξήντα μπορεί να τα συναντήσει κανείς στις Πρέσπες. Τα εκατόν σαράντα περίπου είδη φωλιάζουν στην περιοχή, ενώ τα υπόλοιπα, είτε διαχειμάζουν, είτε επισκέπτονται την περιοχή κατά τη μετανάστευση.

Από τα επτά είδη πελεκάνων που υπάρχουν στο κόσμο, ο Αργυροπελεκάνος (Pelecanus crispus) και ο Ροδοπελεκάνος (Pelecanus onocrotalus) είναι τα δύο είδη που ενδημούν στην Ευρώπη και αναπαράγονται στην περιοχή, σε κοινές αποικίες αναπαραγωγής, αλλά με ξεχωριστές ομάδες φωλιών.Στις Πρέσπες αναπαράγεται ένας από τους μεγαλύτερους πληθυσμούς Αργυροπελεκάνου με αριθμό ζευγαριών που κυμαίνεται μεταξύ εκατόν δέκα-τετρακόσιων ενώ ο συνολικός αριθμός των ζευγαριών του δεν ξεπερνά τα χίλια τριακόσια σε παγκόσμιο επίπεδο.

Από τις υπόλοιπες τάξεις των πουλιών, σημαντική είναι η παρουσία και ενός ακόμα παγκόσμια απειλούμενου είδους, της Λαγγόνας (Phalacrocorax pygmaeus). Από τα διάφορα είδη ερωδιών, ο Αργυροτσικνιάς (Egretta alba) έχει στην περιοχή το μεγαλύτερο αναπαραγόμενο πληθυσμό στην Ελλάδα (έξι-είκοσι πέντε από τα τριάντα περίπου ζευγάρια). Η περιοχή αποτελεί ακόμα ένα από τα νοτιότερα σημεία αναπαραγωγής ενός «βόρειου» είδους, του Χηνοπρίστη (Mergus mergasner).

Εκτός όμως από τα πουλιά, στον Εθνικό Δρυμό Πρεσπών φιλοξενούνται και άλλες ομάδες ζώων. Υπάρχουν γύρω στα σαράντα πέντε είδη θηλαστικών, από τα οποία οχτώ είναι νυχτερίδες, ενώ από τα ερπετά έχουν παρατηρηθεί είκοσι ένα είδη, από τα οποία δύο είναι χελώνες, εννιά είδη είναι σαύρες και δέκα είναι φίδια. Από τα αμφίβια έχουν παρατηρηθεί έντεκα είδη.