Поради невероятната красота на езерата и обкръжаващите ги планини, високото биологично разнообразие, голямата растителност и животните, в този регион, са обявени три национални парка, по един във всяка от съседските страни. В Гърция и Албания те носят едни и същи имена Национален парк Преспа и в Македония Национален парк Галичица. През 2000 г., паркът на Езерата Преспа е обявен за трансграничен, включително цялата вода площ  на двете езера. Площта е приблизително 2000км².

Преспа е под закрилата на конвенцията Рамсар като водна зона от международно значение и важен Европейски регион за птици, както и е включена към Натура 2000, мрежа на ЕС с най-ценните природни райони. В Преспа е най-голямата жива колония от Далматински пеликани в, смесена колония от пеликани и най-голямата колония от Пигмей корморани в Европа. Предоставя убежище на над 200 разновидности птици, много от които принадлежат на редки изчезващи популации в Европа. Ето защо Преспа е нещо като рай за любителите на птици, тъй като съдържа толкова много видове от толкова много местообитания на едно място.

Струва си да се отбележи присъствието на редки видове бозайници, застрашени в Европа, като Кафява мечка, Сив вълк, Европейска видра и дива коза.

Ботаниците ще бъдат доволни от многото видове орхидеи, които могат да бъдат открити тук, както и ендемични видове Кентавър Преспана. Действително аматьорите любители на всички растения могат да намерят нещо за себе си в , разхождайки се из равнините, разглеждайки плажа, дъбовете и хвойните гори, вървейки по обширните алпийски пространства по върховете на планината.